Le FGTS a été créé en 1966, sous le régime militaire. La nécessité de créer ce fonds, comme l'explique Leila Santiago da Silva, découle d'une règle de la Consolidation des lois du travail (CLT): stabilité sur dix ans. Cette règle assurait stabilité pour tous les travailleurs qui sont restés 10 ans dans le même emploi. Quiconque atteignait ce temps de travail ne pouvait être licencié pour juste cause (c'est-à-dire pour une raison sérieuse). La stabilité sur dix ans a été critiquée par les employeurs et, dans la pratique, de nombreux employés ont fini par être mis à pied avant d'avoir terminé 10 ans de service.
Mais il y avait encore un autre droit dans la CLT qui dérangeait les employeurs: l'indemnité de départ. Si l'employeur décidait de licencier le salarié au cours des 10 premières années d'emploi, il était légalement tenu de verser une indemnité de départ pour l'ancienneté qu'il a consacrée à l'entreprise. Pour chaque année de travail du salarié licencié, il était rémunéré à hauteur d'un mois de salaire (soit 1/12, soit environ 8% de tout ce qu'il avait reçu en tant que salarié). De toute évidence, cette règle ne plaisait pas non plus aux salariés, car l'indemnisation, faite aussitôt, pesait lourdement.
C'est dans cet esprit que le gouvernement militaire a créé le FGTS, comme alternative à la stabilité décennale (qui a continué d'exister jusqu'en 1988). Les cotisations du fonds (8% du salaire du travailleur) peuvent être considérées comme une tranche de l'indemnité de départ prévue dans le régime de stabilité décennale.
A partir de 1967, date de l'entrée en vigueur du FGTS, le travailleur du CLT peut choisir entre deux régimes: celui de la stabilité à dix ans ou le FGTS. Même pour les employés non optants, le dépôt de l'employeur dans le fonds était obligatoire. De plus, en cas de licenciement abusif, le salarié est désormais tenu de payer une amende de 40% du solde FGTS au travailleur et 10% supplémentaires de ce solde au gouvernement.
Ce système a été bien accepté par les employeurs, car de cette manière, l'indemnité pour licenciement sans motif a commencé à être versée avec des compte-gouttes. Mieux qu'avant, quand tout a été fait en une seule fois, au moment où l'employé a été congédié.
Un autre objectif de la création du fonds était le financement de travaux dans le domaine du logement. Cela reste aujourd'hui l'une des principales utilisations du FGTS, comme nous le verrons plus tard.
Avec la Constitution de 1988, la fin de la stabilité de dix ans est arrivée. Depuis lors, tous les travailleurs de CLT n'ont droit qu'au compte FGTS.