Le Brésil

Le variant de coronavirus identifié à Manaus a plus de potentiel de transmission et de réinfection – Jornal da USP #jornaldausp

Une nouvelle souche, avec des mutations qui peuvent rendre les virus plus transmissibles, était présente chez 42% des patients testés en ville

Une nouvelle souche était présente chez 42% des patients infectés testés dans la ville et a également été détectée au Japon, suggérant que la variante du virus aurait été transportée par des voyageurs d’Amazonas – Image: Cadde Project

Une nouvelle souche de coronavirus a été identifiée dans la ville de Manaus, en Amazonie, en décembre. Le variant, qui présente un ensemble de mutations génétiques susceptibles d’augmenter la transmission et la réinfection par le virus, était présent chez 42% des patients infectés testés dans la ville. La nouvelle souche a également été détectée au Japon, suggérant que la variante du virus aurait été transportée par des voyageurs d’Amazonie. La découverte est le résultat d’une étude menée par des chercheurs du Centre Brésil-Royaume-Uni pour la découverte, le diagnostic, la génomique et l’épidémiologie des arbovirus (groupe Cadde), qui comprend la participation de l’Institut de médecine tropicale (IMT) et de la Faculté de médecine. de l’USP (FMUSP).

L’identification de la nouvelle variante est signalée dans le pré-impression (version précédente d’un article scientifique) Caractérisation génomique d’une lignée émergente Sars-cov-2 à Manaus: résultats préliminaires, publié sur Virological.Org, publié le 12 janvier. «La nouvelle souche, appelée P.1, a été identifiée dans 13 des 31 échantillons positifs pour le test RT-PCR collectés entre le 15 et le 23 décembre 2020, soit 42% des patients testés», rapporte Ingra Morales Of Bien sûr, un chercheur à l’IMT et à la FMUSP, l’un des auteurs de l’article. « La variante, cependant, était absente dans 26 échantillons de surveillance du génome accessibles au public et collectés à Manaus entre mars et novembre 2020. »

Ce qui différencie le variant de la souche connue, c’est un ensemble de mutations génétiques, explique le chercheur. «Des mutations du virus sont souvent identifiées et de nouvelles variantes apparaissent régulièrement. Nous savons que sars-cov-2 fait en moyenne deux à trois mutations par mois. Ainsi, depuis le premier cas identifié à Wuhan, en Chine, fin 2019, le génome du virus est différent après presque un an de cette identification », rapporte-t-il. «La nouvelle lignée, issue de la lignée B.1.1.28, contient une composition unique de mutations définissant la lignée, y compris plusieurs mutations d’importance biologique connue, telles que E484K, K417T et N501Y.»

Diffusion locale

Selon Ingra, la découverte du variant indique une transmission locale du virus et une augmentation récente de la fréquence de la nouvelle souche. «Manaus a été gravement touché par la pandémie de covid-19, avec un taux d’attaque, c’est-à-dire un nombre estimé de personnes infectées par le virus sars-cov-2 dans les trois quarts de la population en octobre 2020, comme le montre une publication récente étude », observe. «Malgré cela, il y a eu une augmentation rapide des cas où les taux d’attaque antérieurs avaient déjà été estimés. Par conséquent, il est essentiel de rechercher rapidement s’il y a une augmentation du taux de réinfection chez les personnes précédemment exposées.

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La nouvelle souche a été détectée et signalée par des chercheurs japonais sur deux adultes et deux enfants arrivés dans le pays asiatique, du Brésil, de l’état d’Amazonas. «De l’étude phylogénétique contenant des séquences et des données d’échantillonnage antérieures à la ligne P.1. à Manaus, nos travaux corroborent les informations de voyage des cas récemment détectés au Japon », souligne le chercheur,« suggérant que la direction du voyage était de Manaus au Japon ».

Selon l’étude, la nouvelle souche pourrait augmenter le risque de transmissibilité accrue et de réinfection par le coronavirus. «L’une des mutations génétiques présentes dans le variant, E484K, se produit dans le domaine de liaison au récepteur (RBD), un emplacement que le virus utilise pour se lier au récepteur ACE2 dans les cellules humaines, et qui a été associé à la fuite de neutralisation anticorps », précise-t-il Ingra. « L’émergence récente de variantes avec de multiples mutations partagées au sommet soulève des inquiétudes quant à l’évolution convergente vers un nouveau phénotype viral, potentiellement associée à une augmentation de la transmissibilité ou de la propension à la réinfection des individus. »

La recherche a été coordonnée par le Centre Brésil-Royaume-Uni pour la découverte, le diagnostic, la génomique et l’épidémiologie des arbovirus, qui mène des études portant sur la découverte, la génétique et la transmission du virus. Des chercheurs de l’USP, de l’Université fédérale du Minas Gerais (UFMG), de l’Imperial College de Londres, de l’Université d’Oxford, de l’Université d’Édimbourg, d’Édimbourg et de l’Université de Birmingham, au Royaume-Uni, ont participé aux travaux, en plus de la Fondation d’hématologie et d’hémothérapie d’Amazonas (Hemoam), DB Diagnósticos do Brasil (São Paulo) et CDL Laboratório Santos e Vidal Ltda. (Manaus).

Plus d’informations: email ingra27@gmail.com, avec Ingra Morales Claro

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