Ils ont développé une base de données avec le métagénome des bactéries, champignons et levures présents dans plus de 2.500 aliments, principalement des produits laitiers, suivis par des boissons et des viandes fermentées, a détaillé la ministre de la Science et de la Technologie, Gabriela Jiménez, après une récente étude scientifique publiée sur le Site Web cellulaire.
Les auteurs ont identifié plus de 10 800 micro-organismes, dont la moitié étaient des espèces jusqu’alors inconnues. De même, les micro-organismes d’origine alimentaire sont présents dans 3 % du microbiome intestinal de l’adulte et dans 56 % de celui des nouveau-nés.
Ces travaux représentent, de loin, le plus grand effort scientifique de caractérisation microbiologique des aliments fermentés (laitages, viandes, poissons, céréales, etc.) et de leurs matières premières respectives, en utilisant les techniques de séquençage massif de dernière génération et les outils informatiques les plus avancés. Les microbiomes de ces produits présentent une énorme diversité microbienne, à la fois d’organismes procaryotes (bactéries) et d’organismes eucaryotes (champignons et levures), dont une grande partie s’est avérée ne pas avoir de représentants cultivables.
Par conséquent, comme le proposent les auteurs eux-mêmes, l'une des premières actions de recherche futures visera à réaliser des cultures sélectives pour récupérer ces nouveaux taxons et les caractériser en profondeur, qui comprendront des tests permettant d'estimer une utilisation pratique et sûre. Ce n'est qu'ainsi que ces nouveaux micro-organismes pourraient être utilisés comme ferments ou cultures complémentaires dans la fermentation des aliments dont ils sont isolés ou pour en entreprendre de nouveaux.
Du microbiome alimentaire au microbiome gastro-intestinal
La contribution du microbiome alimentaire au microbiome gastro-intestinal humain des adultes, qui pourrait avoir des implications sur le maintien de l’homéostasie microbienne intestinale liée à la santé, semble modeste. Seuls 3 % des taxons d’espèces alimentaires font également partie du microbiome intestinal des adultes. Cependant, il existe des indications claires selon lesquelles les aliments sont à l'origine de la présence dans l'intestin humain de la levure Saccharomyces cerevisiae, abondante dans de nombreux aliments.
Il serait souhaitable de poursuivre cette caractérisation microbiologique avec l'inclusion d'un plus grand nombre d'échantillons et d'aliments plus diversifiés, ce qui permettra, dans le futur, l'identification de marqueurs alimentaires microbiens uniques, ainsi que l'utilisation de ces techniques avec une fiabilité suffisante pour garantir la traçabilité et l’authenticité des aliments comme le proposent les auteurs.
Par ailleurs, le lien entre la microbiologie alimentaire et le microbiote humain établi par les auteurs confirme non seulement le dicton populaire selon lequel « nous sommes ce que nous mangeons », mais réaffirme également les bases sur lesquelles fonder des aliments probiotiques de qualité contenant des micro-organismes aux capacités colonisatrices avérées. le tube digestif et ont un effet positif sur la santé intestinale.
Pour conclure, il est important de souligner, comme le font à juste titre les auteurs, l’importance des levures comme élément essentiel du microbiote humain. Des levures omniprésentes dans notre alimentation (bière, fromage, vin…) mais souvent ignorées dans les études sur la santé intestinale et le microbiote, a-t-il indiqué.
