Selon Thiago Signorini Gonçalves, de l'UFRJ, le score des programmes de troisième cycle dans les évaluations de Capes a une forte corrélation avec le nombre de maîtres et de médecins diplômés. Il s'avère que les programmes dans lesquels la plupart des maîtres et des médecins obtiennent leur diplôme chaque année sont ceux qui sont les plus établis, les plus vastes et ont le plus accès à différentes sources de financement pour la recherche – précisément pour cette raison, ils ont la plus grande capacité à former un plus grand nombre d'étudiants chaque année. Ainsi, de l'avis de Gonçalves, la note ne reflète pas nécessairement l'excellence d'un programme d'études supérieures, puisque les nouveaux programmes, en général, commencent en 3e année.
«Un récit que nous essayons de combattre est que les programmes avec des notes inférieures sont pires et ceux avec des notes plus élevées sont meilleurs, parce que, souvent, (les notes basses) indiquent des programmes récents. Si vous étouffez la croissance à la base de la pyramide, vous étouffez la croissance des études supérieures dans tout le pays », explique le professeur, qui coordonne le programme d'astronomie de l'UFRJ. Le programme a été fondé en 2003 et a ouvert le doctorat en 2010, ce qui en fait un programme d'études supérieures relativement jeune. Avec les nouvelles règles, il a perdu une partie importante des subventions permanentes qu'il détenait jusqu'à l'année dernière.
En outre, Gonçalves attire l'attention sur le fait que les très rares programmes d'études supérieures basés dans les municipalités à faible IDMH sont tous actuellement notés avec des grades 3 ou 4. La méthodologie Capes actuelle ayant accordé peu de poids au critère de l'IDHM, il en résulte que les nouvelles règles ne garantissent pas le soutien aux études supérieures dans les régions les plus pauvres. Les formations qui travaillent dans ces régions ont été doublement affectées: par le faible poids des MHDI dans le modèle et par le fait qu'ils sont moins consolidés. Dans ce cas, au lieu de lutter contre les inégalités, l'ordonnance 34 finit par les accentuer.
"Ensuite, vous regarderez la distribution des programmes (avec les notes) 3 et 4, la plus grande concentration d'entre eux se trouve exactement dans des régions moins consolidées, comme le Nord, le Nord-Est, certains États de la région du Midwest", commente Silva Filho, rappelant que le message La diplomation de l'USP a été l'une des premières au Brésil à travailler dans le moule actuel, qui a commencé avec un document fédéral de 1965.
En ce sens, un domaine qui semble avoir été particulièrement touché est la biodiversité. Dans un autre document adressé à Capes en juillet, les coordinateurs et vice-coordinateurs des programmes de la région affirment que «de nombreux PPG (programmes d'études supérieures) n'auront tout simplement pas de bourse pour les étudiants diplômés au début de la période. 2021, tandis que d'autres PPG pourront répondre partiellement à la demande qualifiée des étudiants ». D'importance stratégique, l'espace Biodiversité a été créé en 2011 dans le périmètre des Capes. Il rassemble des programmes de troisième cycle en botanique, écologie, océanographie biologique et zoologie, dont beaucoup ont actuellement les grades 3, 4 et 5. Les programmes évalués avec les grades 6 et 7 sont principalement dans le sud-est.