Milton Almeida dos Santos est né le 3 mai 1926 à Brotas de Macaúba, une ville située dans la région de Chapada Diamantina, à Bahia. Petit-fils d’esclaves et fils d’instituteurs, il est diplômé en droit de l’UFBA en 1948 et devient docteur en géographie de l’Université de Strasbourg, en France, en 1958. Jusqu’en 1964, il est actif tant dans la vie publique que dans la vie universitaire. . Il a été professeur de géographie humaine à l’Université catholique de Salvador entre 1956 et 1960 et professeur titulaire dans le même domaine à l’UFBA, où il a créé le Laboratoire de géosciences.
Il a été directeur de la Presse officielle de Bahia entre 1959 et 1961, président de la Fondation de la Commission de planification économique de l’État, de 1962 à 1964, et représentant de la Maison civile de Bahia pendant la présidence de Jânio Quadros, en 1961. Il a également été correspondant et rédacteur en chef du journal L’après-midi pendant plus de dix ans, de 1954 à 1964.

Avec le coup d’État de 1964 et le début de la dictature militaire, la vie de Milton Santos a radicalement changé. Un mois après la chute de João Goulart, le géographe est assigné à résidence et s’exile peu après, d’où il ne reviendra qu’en 1977.
Pendant ce temps d’absence, Milton Santos n’était pas inactif. Au contraire. Il a été professeur invité aux universités françaises de Toulouse, Bordeaux et Paris-Sorbonne. Il a également travaillé comme chercheur au Massachusetts Institute of Technology (MIT), à Boston, aux États-Unis, et a enseigné aux universités de Toronto, Canada, Columbia, États-Unis, Lima, Pérou, Caracas, Venezuela et Dar es Salaam, Tanzanie.
En plus de l’enseignement, Milton Santos se consacre intensément durant cette période à la réflexion et à la théorisation en géographie. Les fruits de ce travail sont des livres comme Les Villes du Tiers Monde (1971) et L’Espace Partagé : Lex Deux Circuits de l’Économie des Pays Sous-Développés (1975), dans lequel il démontre son intérêt pour l’étude de l’économie urbaine des pays en voie de développement.
Après son retour au Brésil, le professeur a publié un classique des études méthodologiques dans son domaine : pour un géographie Nonmon cul (1978), dans lequel il défend une discipline tournée vers les questions sociales. Et il poursuit son activité d’enseignant, enseignant à l’Université fédérale de Rio de Janeiro (UFRJ) de 1979 à 1983 puis à l’USP, où il prend sa retraite en 1995 et reçoit le titre de professeur émérite en 1997. En tout, 12 universités brésiliennes et sept sociétés étrangères ont décerné à Milton Santos le titre de docteur Honoris Causa. Il a également reçu, en 1994, le prix Vautrin Lud, la plus haute distinction internationale dans le domaine de la géographie, étant le seul Brésilien, jusqu’à aujourd’hui, à le recevoir.

C’est également au cours de cette décennie qu’il publie l’une de ses plus grandes œuvres, La nature de l’espace (1996), lauréat du Prix Jabuti dans la catégorie Sciences humaines. Son dernier livre publié de son vivant est Pour une autre mondialisation (2000), dans lequel il critique le processus de mondialisation en cours, mais sans perdre espoir. Pour Milton Santos, la mondialisation doit être vue sous trois angles : le mystifié, le réel et le possible. « Le premier serait le monde tel qu’ils nous le font voir : la mondialisation comme une fable », écrit le géographe. « Le second serait le monde tel qu’il est : la mondialisation comme perversité ; le troisième, le monde tel qu’il peut être : une autre mondialisation.
Milton Santos mourra l’année suivante, à l’âge de 75 ans, après avoir écrit plus de 40 livres et étant considéré comme « Brésilien du siècle » par le magazine C’est. Sa collection, avec une bibliothèque, des documents et des notes, se trouve à l’Institut d’études brésiliennes (IEB) de l’USP.